2005년 이수진 대표가 자본금 5천만 원으로 야놀자를 창업해 PC 기반 숙박 정보 사이트를 시작했다(나무위키). 2007년 공식 웹사이트를 열고 2011년 중소형 숙박업소 프랜차이즈를 국내 최초로 도입했으며, 2014년 모바일 예약 앱 바로예약을 내놨다. 2015년 창업 10년 만에 파트너스인베스트먼트로부터 첫 외부 투자 100억 원을 받았다.
2018년 누적 투자액 1,510억 원을 달성했고, 2019년 부킹홀딩스와 싱가포르 투자청으로부터 1.8억 달러를 받아 국내 첫 여행 분야 유니콘이 됐다. 2020년에는 팬데믹에도 매출 2,888억 원과 창사 첫 연간 영업이익 109억 원을 기록했다(데일리안). 2021년 소프트뱅크 비전펀드의 17억 달러 투자로 데카콘이 됐고 인터파크 여행 부문을 2,940억 원에 인수했다(인베스트조선).
2022년 매출은 83% 늘어 6,045억 원이 됐지만(플래텀), 2023년 영업이익은 17억 원으로 88% 줄었다. 2024년 플랫폼 부문을 분할해 인터파크트리플과 합병한 놀유니버스를 세웠고, 2025년 처음으로 연 매출 1조 292억 원을 넘겼다(더밸류뉴스). 같은 해 주요 계열사 대표를 교체했고, 2026년 야놀자 3.0을 선언했다.
✦매출은 인수로 불렸지만 이익은 그 속도를 따라가지 못했고, 1조를 넘긴 해에 경영진을 갈아 끼웠다.