1987년 국철 분할 민영화로 동일본여객철도가 출범했다. 막대한 부채를 함께 넘겨받은 출발이었다(JR East History, Wikipedia). 1993년 도쿄증권거래소에 상장했고, 1992년 야마가타·1997년 아키타 미니 신칸센을 운영하며 노선을 넓혔다.
2001년 교통카드 Suica를 내놓고 같은 해 12월 JR회사법 적용에서 벗어나 요금과 사업계획에 대한 정부 승인 규제를 벗었다. 2002년 정부 보유 지분이 모두 팔리며 설립 15년 만에 완전 민영화를 달성했고, 2004년에는 Suica에 전자화폐 기능을 붙였다.
2011년 동일본 대지진으로 도호쿠 신칸센과 재래선이 광범위한 피해를 입었다. 2019년 연결 매출 3조 엔을 넘겨 사상 최고를 찍었으나, 2020년 코로나19로 매출이 약 40% 줄고 창립 이래 처음으로 5,780억 엔 순손실을 냈다(JR East Group Report 2021). 2024년에는 민영화 이후 40년 만에 첫 전면 요금 인상을 단행하며 철도를 넘어선 사업 재편을 내걸었다.