1978년 월터 길버트를 비롯한 생물학자들이 제네바에서 바이오젠을 세웠다(Wikipedia). 1984년 누적 손실 1억 달러로 파산 직전에 몰려 길버트가 CEO에서 물러났고, 제임스 빈센트의 구조조정 뒤 1989년 320만 달러 흑자를 냈다(Encyclopedia.com). 1996년 다발성 경화증 치료제 아보넥스가 FDA 승인을 받아 핵심 매출원이 됐다.
2003년 IDEC 파마슈티컬스와 합병해 바이오젠 IDEC이 되었고, 2006년에는 부작용 우려로 자진 철수했던 타이사브리를 다시 내놨다. 2016년 척수성 근위축증 치료제 스핀라자가 승인됐다.
2021년 알츠하이머 치료제 아두헬름이 논란 속에 가속 승인을 받았으나 효능과 비용 문제로 판매가 부진했다. 2022년 크리스 비바커가 CEO로 왔고, 2023년 에자이와 공동 개발한 레켐비가 가속 승인에 이어 정식 승인을 받았다(BioSpace). 2024년 리아타 파마슈티컬스를 73억 달러에 인수했고, 2026년 레켐비 피하주사가 승인됐으나 타우 표적 BIIB080은 주요 목표에 미달했다(BioPharma Dive).