1958년 제임스 L. 워터스가 프레이밍햄 경찰서 지하에서 맞춤형 분석 기기를 만들며 Waters Associates를 시작했다(Wikipedia). 1963년 젤 투과 크로마토그래피 기기 다섯 대를 팔고 다우 케미컬에서 40만 달러를 유치했으며, 1967년 첫 액체 크로마토그래피 시스템 ALC 100을 내놨다. 1973년 상장 뒤 1977년까지 연평균 40%씩 매출이 늘었다.
1980년 Millipore가 1억 6,700만 달러에 인수해 크로마토그래피 사업부로 편입했다가, 1994년 경영진이 이끄는 투자 그룹이 3억 6천만 달러에 되사들여 독립했고 이듬해 뉴욕 증권 거래소에 다시 상장했다. 1997년 Micromass를 1억 7,600만 달러에 인수해 질량 분석 시장에 들어갔다.
2004년 ACQUITY UPLC를 내놨고, 2008년 금융위기에 주가가 52.25% 빠졌다가 이듬해 62.67% 올랐다(Companies Market Cap). 2023년 Wyatt Technology를 13억 6천만 달러에 인수했고, 2026년 Becton Dickinson의 바이오사이언스·진단 사업부와 188억 달러 규모 합병을 마쳤다.