1992년 데이비드 히츠, 제임스 라우, 마이클 말콤이 네트워크 어플라이언스를 세우고 NFS 서버 '토스터'를 개발했다(Wikipedia). 1993년 첫 제품군 '파일러'를 내놨고, 1995년 상장한 뒤 빠르게 매출 10억 달러를 넘겼다.
닷컴 버블로 매출이 줄었으나 2002년 SAN과 NAS를 통합한 첫 기업이 되며 반등했다. 2006년 NetCache 제품 라인을 블루 코트에 팔았고, 2007년 Sun의 ZFS가 특허 7건을 침해했다며 소송을 냈다. 2008년 법적 사명을 NetApp으로 바꿨고, 2009년 정부 계약 사기 의혹으로 1억 2,800만 달러를 내기로 합의했다(미 법무부).
2015년 조지 쿠리안이 CEO로 취임하고 SolidFire를 인수했다. 2018년 첫 엔드투엔드 NVMe 어레이 A800을 냈고, 2020년 Spot·CloudJumper·Talon Storage를 사들였다. 2025년에는 Spot 포트폴리오를 Flexera에 매각하는 한편 전 CTO의 기업 비밀 유출 소송에 휘말렸고(CRN), 2026년 EF50·EF80과 NVIDIA 협력 AI Data Engine을 내놨다.