1970년 도쿄 메구로구에 토와전기로 설립돼 싱크로스코프와 팩스 기기, 산업용 반도체·진공 테스트 시스템 유지보수 서비스를 제공했다(MICRONICS JAPAN 공식 웹사이트). 1971년 본사를 무사시노시로 옮기며 반도체 장비 연구개발에 착수했고, 1975년 사명을 일본마이크로닉스로 바꿨다. 1976년 첫 프로브 카드 개발에 성공했고, 1985년 첫 LCD 테스트 시스템을 완성해 디스플레이로 영역을 넓혔다.
1997년 일본증권업협회 OTC 시장에 주식을 등록했고, 1999년 캘리포니아 지사 설립으로 해외 확장을 시작했다. 2007년 하세가와 마사요시가 대표이사 겸 CEO로 취임했고, 2011년 한국 자회사 MDK가 MEK와 합병했다.
2015년부터 메모리 프로브 카드 시장에서 점유율 1위를 지켰다(Shared Research). 2022년 도쿄증권거래소 시장 재편으로 프라임 시장에 편입됐고, 2024년 반도체 수요 회복으로 1분기와 3분기 매출과 주당 순이익이 크게 늘었다(Simply Wall St). 2026년에는 DRAM용 프로브 카드 수요와 생산 능력 확대로 2분기 및 9개월 실적 전망을 올려 잡았다.