1887년 오하이오 유전 발견을 배경으로 The Ohio Oil Company가 세워졌고, 1889년 록펠러의 Standard Oil Trust에 인수돼 독립성을 잃었다(Britannica Money). 1911년 대법원의 독점 해체 명령으로 다시 독립했고, 1930년 Transcontinental Oil을 인수하며 'Marathon' 브랜드와 주유소 네트워크를 얻었다. 1962년 창립 75주년에 사명을 Marathon Oil Company로 바꿨다.
1982년 Mobil의 적대적 인수 시도를 물리친 뒤 U.S. Steel에 68억 달러에 인수됐고, 2001년 지주회사 USX가 Marathon Oil을 분사하며 다시 독립했다(Wikipedia). 2011년에는 정유·마케팅·파이프라인 부문을 Marathon Petroleum으로 분사해 탐사·생산 전문 기업이 됐다.
2016년 15억 달러 이상의 비핵심 자산을 팔고 2017년 퍼미안 분지에 12억 달러를 투자했으며, 2022년 Eagle Ford 자산을 30억 달러에 인수했다. 2024년 Fort Berthold 보호구역 대기오염 위반으로 EPA·법무부와 2억 4150만 달러에 합의했고(Justice Department), 같은 해 ConocoPhillips에 225억 달러에 인수되며 독립 회사로서의 역사를 마쳤다.