1969년 영국 머천트 뱅크 힐 사무엘의 호주 자회사로 시작해, 1985년 금융시장 규제 완화 속에 독립 무역은행 인가를 받고 맥쿼리 은행으로 이름을 바꿨다. 1994년 시드니 힐스 고속도로의 상장 지분 인수를 시작으로 인프라 투자를 개척했고, 1996년 호주 증권거래소에 상장했다.
2008년 금융위기 때는 주가가 급락하고 자금 조달 우려가 있었으나 선제적인 자산 매각과 자본 구조로 버텼다. 2010년 미국 델라웨어 인베스트먼츠, 2017년 영국 녹색 투자 은행, 2021년 워델 & 리드를 인수하며 자산운용을 키웠다.
2025년 호주증권투자위원회는 15년간 최대 15억 건의 단기 매도 거래를 잘못 보고한 혐의로 소송을 냈다. 같은 해 북미와 유럽의 공모 자산운용 사업을 노무라에 약 28억 호주 달러에 팔고 사모와 호주 시장에 집중하기로 했으며, 2026 회계연도에는 48.5억 호주 달러의 역대 최대 순이익을 냈다.