1885년 Warren Johnson이 전기식 룸 온도 조절기 특허를 바탕으로 Johnson Electric Service Company를 세우며 빌딩 제어 산업을 열었다(Johnson Controls History). 1912년 창업자 사망 후 회사는 자동차 관련 사업에서 철수하고 온도 조절에 집중했다.
1972년 건물 제어용 미니컴퓨터 JC/80으로 에너지 효율을 30% 높였고, 1974년 사명을 Johnson Controls로 바꿨다. 1978년 Globe-Union 인수로 자동차 배터리에, 1985년 Hoover Universal 인수로 자동차 시트에 들어갔다. 1986년 듀폰 플라자 호텔 화재 사건에서는 에너지 관리 시스템에 책임이 없다는 판결을 받았다. 1988년 짐 키예스가 취임했고 1990년 빌딩 자동화 시스템 Metasys가 나왔다.
2005년 York International을 32억 달러에 인수했고, 2016년 Tyco International과 합병해 아일랜드에 본사를 둔 Johnson Controls International plc가 됐다. 같은 해 자동차 시트 사업부는 Adient로 분사했다(PR Newswire). 2017년 George Oliver 취임 후 통합에 집중했고, 2025년 주거·경량 상업용 HVAC 사업부를 Bosch에 81억 달러에 매각했다.