1998년 제이 애덜슨과 앨 애버리가 경쟁 네트워크를 중립적으로 잇는 데이터센터를 목표로 에퀴닉스를 세웠다(Wikipedia). 2000년 나스닥 상장으로 2억 7,300만 달러를 조달했고, 2002년 통신 불황 속에서 I-STT·Pihana Pacific과 합병해 아시아태평양으로 넓혔다. 2007년 IXEurope를 20억 달러에 인수하며 유럽에 들어갔다.
2015년 REIT로 전환했고, 2016년 유럽 최대 경쟁사 TelecityGroup을 38억 달러에 인수했다. 2018년 스티브 스미스 CEO가 갑자기 사임하고 찰스 마이어스가 뒤를 이었다. 2020년 Packet을 인수해 베어메탈 서비스 Equinix Metal을 냈다.
2023년 3월 내부 통제의 중대한 약점을 공개하며 주가가 13% 넘게 빠졌고 투자자 소송으로 번졌다(Bisnow). 2024년 구글 클라우드 출신 어데어 폭스마틴이 CEO로 왔고, 2025년 마닐라 데이터센터 3곳을 인수하는 한편 주주 집단 소송을 4,150만 달러에 합의했다. 2026년 2월 노르딕 사업자 atNorth를 40억 달러에 인수하고 1분기 매출이 10% 늘었으며, 5월에는 677명이 영향받은 데이터 유출을 보고했다.